紅外顯微鏡是一種利用波長在800nm到20μm范圍內的紅外光作為像的形成者，用來觀察某些不透明物體的顯微鏡。這種顯微鏡在生物學中的用途遠遠比不上紫外光顯微鏡。

　　紅外顯微鏡的應用

　　1聚合物有機材料研究中的應用

　　1.1多層聚合物的測定多層聚合物材料中，每層聚合物薄膜的厚度大多數是微米級的，紅外顯微鏡可以逐層對聚合物薄膜進行測試，特別是運用雙光闌系統和Tru-View定位技術，固定出每層高聚物測試區域的準確部位，可方便地測出每層聚合物的紅外光譜圖。

　　1.2層壓復合材料的剖析層壓復合材料是由多層不同材料粘合壓制而成。在建筑、產品包裝等獲得了廣泛的應用，顯微鏡可以容易地得到各層材料的紅外光譜圖。

　　2在微區分析中的應用

　　顯微紅外主要特點是可以在毫克或微克級上對固體樣品進行紅外光譜分析，基本上是一種非破壞性的測試方式，在微區分析中可發揮重大作用。

　　2.1微小顆粒的測定

　　2.2微小斑點的測定，例如分析一塊媒炭樣品表面上或明或暗的不同微小斑點2.3微量污染物的測定例如在精密的電子設備中一個微小的接觸點的鍍層上發現一顆約1~2ng的微粒，經紅外顯微鏡測定，可以確定物質.

　　3在生化物質研究中的應用

　　3.1對動、植物細胞組織的分子結構變化的研究非常有效

　　3.2對藥物在細胞內分部情況的研究.

　　4.在珠寶行業中檢測分析中的應用

　　4.1測定寶石中包裹體內水、CO2等物質

　　4.2無損測定寶石內或裂紋中的有機化合物